害怕落后于人加剧了重复性研究的危局

连续的出版强化了研究效果,预出版使过程更加便捷。那么为什么期刊仍然对此如此警惕呢?乔希•哈迪(Josh Hardy)问道

七月 8, 2021
Vintage image of two men in tracksuits standing back to back holding guns illustrating opinion about back-to-back publication
Source: Getty montage

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这是每个年轻科学家都害怕的噩梦时刻:当你历经整个读博阶段终于获得所需要的研究成果后,你了解到来自另一个实验室的人也有同样的发现,而且即将发表。

因为从发现到发表可能需要几个月,甚至几年的时间,生物科学的研究人员总是冒着被抢先的风险。无论这项研究多么有力,类似研究的存在会降低论文在期刊编辑眼中的新颖性和影响力,增加被拒绝的可能性。对于像我这样的早期职业研究者来说,出版物对于求职和获得奖学金是至关重要的。

2019新冠病毒大流行期间,预印本的激增为改变局面提供了机会——2020年在bioRxiv上发表的预印本超过3.9万册。

传统做法是,会议上讨论未发表的工作,会议报告可以提前几个月发表。但会议的观众必然受到限制——而且担心被抢先报道,他们可能不愿意展示尚未出版的内容。预印本服务提供了一种新的方法,可以在发表之前共享和发现研究成果,也可能用于协调合作提交论文。

我和来自昆士兰大学(University of Queensland)的娜塔莉·牛顿(Natalee Newton)合作研究了一种新的方法来确定蚊子传播的黄病毒系列的3D重建,包括登革热、寨卡病毒和西尼罗河病毒。在莫那什大学(Monash University)我的研究小组组长法塞利·库利巴利(Fasséli Coulibaly)的带领下,我一直在用冷冻电子显微镜研究病毒的结构。去年,我与娜塔莉合作,证明她与她的实验室领导丹尼尔·沃特森(Daniel Watterson)研究的嵌合病毒与致病病毒看起来完全相同。这可能会加速新型黄病毒疫苗的开发,该病毒可能起源于动物宿主并引起流行病。

与此同时,在世界的另一端,马克斯·雷纳(Max Renner)与牛津大学(University of Oxford)的加文·斯克里顿(Gavin Screaton)和乔纳森·格里姆斯(Jonathan Grimes)也在研究寨卡病毒的一种近亲病毒的3D结构,这种结构以前从未被描述过。他的研究重点是病毒的成熟过程,被感染的细胞中产生的新病毒经此过程后能够感染更多的细胞。

在使用不同的方法、不了解彼此的情况下工作,我们得到了相同的、意想不到的结果。但当我在bioRxiv上读到马克斯的预印本时,我和我的合作者都崩溃了。

不过,几封电子邮件和一次视频通话之后,我们达成了一致。我们会一起提交研究报告,尽管马克斯和乔恩需要等我们完成手稿后再提交。

两支团队都认为这符合科学的最佳利益。生物学研究也免不了碰运气,有时一个实验产生的结果是无法复制的。但如果两个实验室的结果一致,那么随机结果的概率就会大大降低。虽然大多数实验室会多次重复他们的实验结果,但考虑到成本,这并不总是可能的。以冷冻电子显微镜为例,实验花费数千美元,在显微镜上的时间是宝贵的。因此,我们的实验并没有重复,而是验证了彼此在不同病毒上的发现,强化了两个实验的结果。

但是协调出版并不总是很简单的。许多期刊没有明确的联合投稿机制,也并不充分支持该模式。我们的论文被视为独立的研究,并交给了不同的编辑和审稿人——这导致了对论文的质量和潜在影响产生了不同的评估结果。

在经历了几次拒绝后,我的小组决定将我们的论文分成两部分,以简化每个部分的故事。我们把其中一份和马克斯的一起提交给了《科学进步》期刊。但是,当我们的论文被一群编辑和评论家接受时,马克斯的却被另一群人拒绝了。尽管两个研究小组都给编辑写了几封质疑信,但我们无法改变结果。

最终,我们剩下的论文与马克斯的论文一起发表在了《自然通讯》杂志上。自从发表以来,已经被成千上万的读者阅读过。尽管如此,如果要培养这种合作模式,就需要更多的科学期刊来支持并制定评审和接受联合投稿的指导方针。

由于商业专利和基于绩效的资助,研究带有竞争的性质。但是,如果我们真的想要发展健全的理论和循证医学,我们还需要更好地开展合作。特别是现在,预印本使我们能够更容易地看到其他人在期刊发表之前的研究成果,并有可能就共同提交问题与他们接触。如果期刊更愿意承认预出版是研究发现的合法手段,并欢迎作为预印本的论文的投稿,这也将是向前迈进的一步。

对于马克斯、娜塔莉和我来说,共同发表论文改进了我们的两篇论文,并增加了结果的可信度,确定了可以拯救生命的黄病毒药物的新靶点。而且,从我感谢马克斯的推特上的热烈反应来看,向合作发表的转变将会受到学界的欢迎。

乔希·哈迪(Josh Hardy)系澳大利亚墨尔本沃尔特伊莉莎医学研究所的研究人员。

本文由陈露为泰晤士高等教育翻译。

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Reader's comments (1)

Thanks Josh, a very nice example of a pretty common problem, and fortunately in this case the two groups were so collegial as to agree to coordinate publication attempts. I guess it is not always so because this solution almost inevitably requires a delay in the "fastest" group's submission -- and, who knows, there might be a third group with the same solution. And of interest is the revelation (as if it's needed) of the apparent stochastic nature of the review outcomes which seems, from this report, to indicate (as if it's needed) obstinacy at editorial level. But of course we always think that on rejection! However while I like pre-pubs., I am not sure of their beneficial effects in such cases, these might just bump the problem one notch upstream.